Autoimunitní procesy charakterizuje je zánět a ničení vlastních tkání endogenními protilátkami a T-lymfocyty, kdy imunitní systém napadá a ničí vlastní tkáně. Patří k nim celiakie, ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, autoimunitní tyreioitida, lupénka, roztroušená skleróza nebo revmatoidní artritida. Pro léčbu autoimunitních onemocnění v rámci funkční medicíny, ke které se řadí i naturopatie, byl vypracován autoimunitní protokol (AIP).
AIP se zaměřuje na zklidnění imunitního systému prostřednictvím zhojení a normalizace střevní stěny, která v imunitě hraje zásadní roli. Propustnost střev, dysbióza mikrobiomu, zanícení střevní sliznice v důsledku potravinových intolerancí, infekcí, zatížení těžkými kovy... – jakýkoliv problém v této oblasti vychyluje z rovnováhy imunitní systém, který pak může začít napadat tkáně vlastního těla.